自净化药品柜的作业很大一部分要得益于内部的过滤器，这这种过滤又分为粉尘过滤和溶剂过滤两类，首先柜内空气先通过粉尘过滤将空气中粉末类灰尘和化学品过滤，其次，通过活性炭分子过滤器过滤液体分子。针对超净室，还要装备HEAP粒子过滤器，以保证碳粉等颗粒物进入试验室损坏洁净环境。
这些进程听起来似乎很复杂，其实简略地说即是，将药品柜内部挥发性和腐蚀性化学药品散宣布的有毒有害气体进行吸收并净化，然后能够再次进入空气中进行再循环，以到达净化空气、保护环境的意图。
自净化药品柜存放药品的方法和要求：
首先需要列明在药品柜里需存放的所有化学品。因为活性炭过滤器并非吸附所有的化学品，所以我们首先要判定我们要存储的化学药品是否有效被过滤。
其次要确认每种化学品的安全特性。用户通过MSDS（化学品安全技术说明书），可以在药品柜中安全贮存化学品。
再次通过不兼容表判断是否有不兼容的化学品。药品柜中间设有隔板，不兼容的化学品可以分开存放。然后确保标贴摆放到位。一、任何化学品一定要有化学品标签；二、摆放化学品时标签应朝外，用户可以直接看到化学品标签。
为了确保自净化药品柜能够可靠安全的运行，避免存储的药品被污物污染，必须清洁维护药品柜，在清洁时可先用肥皂水清洗，然后再用干净的水冲洗干净。
在选用选用柔软的没有摩擦性的毛巾擦拭干净，或者使用PH值有中性的产品清洁，再用无腐蚀性的软布擦干，另外我们还要随时注意检查金部件有无腐蚀现象，检查层板上是否有液体滞留，如果有需要等层板也进行清理。
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